銅仁歷史悠久，可以追溯到新石器時代。

秦代為黔中郡腹部地區(qū)。

漢時改隸武陵郡，蜀漢時始有縣治。

唐置萬安縣，后改常豐縣，分屬思州、錦州、黔州。

宋末元初設思州、思南兩宣慰司。

銅仁原名銅人，相傳元朝時有漁人在銅巖處潛入江底，得銅人三尊。元代設置“銅人大小江蠻夷軍民長官司”。隸屬思南宣慰司。明永樂十一年撤思州、思南宣慰司，于今境地設銅仁、思南、石阡、烏羅4府，均隸屬于由此而設置的貴州布政使司。明正統三年（公元1438年）廢烏羅府，其大部并入銅仁府。銅仁由此得名。

清代銅仁建置無變化。

民國元年（公元1912年）撤銅仁縣（治所今江口縣）并入銅仁府（治所今銅仁市）。

民國2年（1913年）改銅仁府為銅仁縣（治所今銅仁市）；同時，改思南府為思南縣，改石阡府為石阡縣，改松桃直隸廳為松桃縣。另外，恢復原銅仁縣（治所今江口縣）改名江口縣，安化縣改名德江縣，以原思南府沿河佑溪吏目駐地設沿河縣，以原銅仁府省溪吏目設省溪縣（今萬山特區(qū)）。玉屏縣、印江縣建置不變。

民國3年（1914年）以原銅仁縣正大營縣丞駐地設正大營分縣，隸屬松桃縣兼管；以原四十八溪主薄駐地設四十八溪（今甘龍口）分縣，隸屬松挑縣兼管。

民國24年（公元1935年）6月，經國民政府軍事委員會委員長行營核準，在貴州省建立11個行政督察區(qū)。其中第六行政督察區(qū)專員公署駐思南，轄思南、德江、印江、沿河、石阡等縣，第五行政督察區(qū)專員公署駐銅仁轄銅仁、江口、松挑、玉屏、省溪等縣。

民國25年（1936年）1月，正大營分縣并入銅仁縣，甘龍口分縣并入松桃縣。同年3月，全省縮編為8個督察區(qū)，第六督察區(qū)專員公署駐銅仁，轄銅仁、江口、松桃、玉屏、石殲、省溪、思南、德江、印江、沿河、后坪（治所今沿河縣后坪鄉(xiāng)）13縣。

民國26年（1937年）11月，督察區(qū)重新設置，德江、后坪2縣劃屬第五督察區(qū)（治所今遵義市），其余9縣隸屬第一督察區(qū)（治所今鎮(zhèn)遠縣）。

民國30年（1941年）撤省溪縣，轄地分別并入銅仁、玉屏2縣；撒后坪縣，轄地分別并入沿河、務川2縣。民國32年（1943年）2月，全省改設6個行政督察區(qū)。第六督察區(qū)專員公署駐銅仁，轄銅仁、江口、玉屏、松桃、印江、石阡、思南、德江、沿河9縣。

1950年1月12日，銅仁地區(qū)全境解放，當年設銅仁專區(qū)，專員公署駐銅仁縣，轄銅仁、玉屏、松挑、江口、印江、石阡、思南、德江、沿河9縣。

1956年9月撤銷松桃縣，設立松桃苗族自治縣。1958年12月撤銷玉屏、江口二縣，并入銅仁縣。1961年8月恢復玉屏、江口兩縣。

1966年12月設立萬山特區(qū)，1968年9月撤銷，1970年8月恢復萬山特區(qū)。

1979年1月撤銷銅仁地區(qū)革命委員會正式設立銅仁地區(qū)行政公署（筒稱行署），作為貴州省人民政府行政派出機關的現行建制。

1983年9月7日國務院批準撤銷玉屏縣建立玉屏侗族自治縣，原行政區(qū)域不變；1986年10月7日國務院批準撤銷沿河縣，設立沿河土家族自治縣，原行政區(qū)域不變；1986年12月13日，國務院批準撤銷印江縣，設立印江土家族苗族自治縣，原行政區(qū)域不變。1987年8月21日國務院批準撒銷銅仁縣，設立銅仁市，原行政區(qū)域不變。

1984年1月將人民公社改為鄉(xiāng)，通過建鄉(xiāng)建鎮(zhèn)調整，全區(qū)鄉(xiāng)級行政區(qū)劃分60個區(qū)。

1987年新建民族鄉(xiāng)79個，鄉(xiāng)級建制為60個區(qū)，10個區(qū)級鎮(zhèn)，區(qū)（鎮(zhèn)）下轄315個鄉(xiāng)、22個鄉(xiāng)級鎮(zhèn)，83個民族鄉(xiāng)。

1991年全區(qū)通過“建并撤”并報經省人民政府批復，自此開始建置為39個鄉(xiāng)、56個民族鄉(xiāng)、69個鎮(zhèn)、4個街道辦事處。

2011年10月22日，撤消銅仁地區(qū)設地級銅仁市，撤消原縣級銅仁市設碧江區(qū)，以原縣級銅仁市行政區(qū)域為新的碧江區(qū)行政區(qū)域；撤消萬山特區(qū)，設銅仁市萬山區(qū)。